J. of Taroten

微生物の分類名称の変更，鳥も爬虫類(C2面：環境衛生工学，2023.10.16)

腸内細菌科は腸内細菌目へ

　1年ほど前にpublicationした 大腸菌群へのカルバペネム耐性菌の広がりに関する論文 では，大腸菌の仲間のなかでカルバペネム耐性菌(CRE)を探すという作業をしており，いわゆる本当の大腸菌属(Escherichia)以外にEnterobacter, Klebsiella, Raoultella, Citrobacter, Kluyvera をこの研究では含んでいました。この大腸菌の仲間のことを刊行の直前まで Enterobacteriaceae(腸内細菌科)と表記していたのですが，Enterobacterales(腸内細菌目)が正しいということで，論文表題を変更しました。2016年ごろにProteus, Yersinia などを Enterobacteriaceae から除外する分類体系の変更があり，CREといった場合にEが腸内細菌「目」を指すようになったようです。分類の括りは大きい方から「門」「綱」「目」「科」「属」「種」です。

バクテリアで最大の Proteobacteria 門も改名か

　培地にメロペネムを混ぜて釣菌する方法で，カルバペネム耐性菌を釣菌すると，大腸菌と性質の似ている Stenotrophomonas(この属は獲得耐性でないカルバペネム耐性菌で選択圧をかけると多く釣れます), Pseudomonas, Aeromonas などが釣れ，これらは，綱レベルですべて大腸菌と同じ γ-proteobacteria に属します。この α, β, γ, δなどの各 proteobacteria を包含して，(16S rRNA遺伝子による分類に基づいて)proteobacteria 門だと思っていたのですが，これが，Pseudomonas に引きずられたのか，Pseudomonadota 門に2021年に改名されています。

主要な門がすべて改名

　ほかにも，我々になじみのあるところでは，Actinobacteria(放線菌門, 臭気物質生成菌として我々もこの門の細菌を釣菌しました)が Actinomycetota に微妙な改名がされ，Firmicutes(あえて和門名を付ければ，グラム陽性細菌門)が Bacillota に改名されました。Bacillotaの主要構成細菌である乳酸菌(Lactobacillus)グループに引き寄せられた名称です。このように，原核生物の門の名前 は-otaを接尾語とするようです。排水処理系において，主要な微小細菌と考えられることもあるグループで，以前 CPR(Candidate Phyla Radiation)，あるいは，Saccharimonadia (TM7)と呼んでいたものがありましたが，その呼称が Patescibacteria 門になりました。これはCandidateなので-otaが付かない？？

シアンバクテリアも大改名

　多摩川での河川付着性シアノバクテリア(Phormidium)による2-MIBの産生の話題を本サイトで紹介したが，この属もPseudanabaena とその一部が改名され，「ああ，これ以前Anabaena と呼んでいたやつね」 と思ったら，Anabaena 自体は，Dolichospermum と改名されています。シアノバクテリア全体の分類として，従来の考え方では，クロオコックス目(単細胞性または群体性)，プレウロカプサ目(単細胞性または群体性で内生胞子を形成)，ユレモ目(異質細胞を持たない糸状性)，ネンジュモ目(異質細胞を持つ糸状体性)，スチゴネマ目(糸状性で分枝あり)の5目に形態的な特徴によってわかりやすく分類されていたが，近年の分子系統解析により，分類が大きく揺らいでいるようです。

鳥綱は爬虫綱に一括？

　脊椎動物(おおむね門レベルの分類呼称)をさらに分類するなら，下の図の左のように魚類，爬虫類，哺乳類，鳥類などに綱レベルで分類するのが直感的だろうが，現在の科学では，右図のように「(無顎)ウナギ，サメ，肺魚に共通した魚の祖先」を他の脊椎動物を含まないように探すことができないので，「魚綱という分類はだめだ(軟骨魚綱，硬骨魚綱などに分けるのが正しい)」ということになっている。同様に，鳥類を含まない爬虫類共通の祖先が想定できないので，「ワニ，カメ，トカゲ，ヘビなどを爬虫類というのなら，綱レベルでは，鳥も爬虫綱の一員とする」ということになっているそうです。「鳥も爬虫類」と言われても「見た感じ」と合わないが，実感と合わない単系統主義には批判もあるようです。