J. of Taroten

古細菌によるアンモニアの硝化 (C2面:環境衛生工学,2007.7.12)

(2017.8.17追加) Nitritation という用語から peer を考える

 peer review の peer ってどういう意味だと思うことがあるのだが,「たぶん,同じ用語を使う人たち」という意味なのかな,と先日感じたできごとがあった。

 先日査読した論文に nitritation という用語があり,全体に英語の質が悪い論文だったので,「環境中の硝化反応を知らない分野違いの人が nitrification のことを間違えて適当な英語で投稿してきたな(純粋な生化学だったり化学工学が専門だったりの著者による環境系論文には,環境分野の専門家から見て修正すべき用語に出くわすことが多い)」と思ったのだが,実際には,nitritation という単語は,「亜硝酸化」という意味で環境関係でも常用されている用語のようです(多分,亜硝酸"nitrite"から派生した言葉でしょう)。たろてんは,抗生物質耐性菌,膜による水処理,臭気,微量化学物質汚染あたりを専門としていますが,排水の生物処理から水文学まで,査読を頼まれれば,わりと広めの分野の論文に対応する場合が多いです。ただ,分野が遠くなるほど,その用語が適切なのかが判断付かないです。

5界説,3ドメイン説

 生物の進化や分類を教えるときに使う生物のが以下のスライド。「動物と植物を有機物の生産能力で分けてしまうと,きのこは動物ということになって,不都合。そこで,・・・となって5界説が成立した。ところが,種の多様性から遺伝子の多様性を重視するように生物学が変わり,古細菌が他の原核細菌とは大きく違うということで,独立して,5界説が3ドメイン説に変化していった」と教える。「ヒトは,細菌より古細菌の方に近縁」というのは,感覚的には理解できないものだが,古細菌は,地球の大気に酸素がなかった時代からいる由緒正しい細菌である。

アンモニアの硝化をする古細菌

 今日,都市工のKにたまたま渋谷であったのだが,最近の話題(2007年当時)として,水処理の生物学的な硝化プロセスなどで硝化をする細菌に古細菌が多い,というのが話題なんだそうです。硝化は,普通に考えれば,Eubacteria(真正細菌)ドメインの硝化菌(Nitrosomonas など)がやっていると思っていたのだが,海洋研究などで古細菌が硝化をになっているというのが,NatureやScienceに発表されて,微生物生態の研究者では,この硝化古細菌研究がブームだという。確かに,古細菌が意外に普通の環境にいるというのが,1990年代からいろいろいわれてはいるようである。生物学の世界はすぐに昔の常識が覆されているので,常に知識を更新しておく必要があります。