J. of Taroten

古細菌によるアンモニアの硝化 (C2面：環境衛生工学，2007.7.12)

(2017.8.17追加) Nitritation という用語から peer を考える

　先日査読した論文に nitritation という用語があり，全体に英語の質が悪い論文だったので，「環境中の硝化反応を知らない分野違いの人が nitrification のことを間違えて適当な英語で投稿してきたな」と思ったが，実際には，nitritation という単語は，「亜硝酸化」という意味で環境関係でも常用されている用語です。ただ，説明なく，たどたどしい英語を使うと，排水処理くらいのくくりでは専門家であっても，硝化反応を専門としない査読者には通じないことになってしまいます。peer review の peer とは「たぶん，同じ用語を使う人たち」という意味であるので，フォーカスを広くとる論文では，用語が初出の際にほんの少しの解説を加えたほうがいいと思います。

5界説，3ドメイン説

　生物の進化や分類を教えるときに使う生物のが以下のスライド。「動物と植物を有機物の生産能力で分けてしまうと，きのこは動物ということになって，不都合。そこで，・・・となって5界説が成立した。ところが，種の多様性から遺伝子の多様性を重視するように生物学が変わり，古細菌が他の原核細菌とは大きく違うということで，独立して，5界説が3ドメイン説に変化していった」と教える。「ヒトは，細菌より古細菌の方に近縁」というのは，感覚的には理解できないものだが，古細菌は，地球の大気に酸素がなかった時代からいる由緒正しい細菌である。

アンモニアの硝化をする古細菌

　今日，都市工のKにたまたま渋谷であったのだが，最近の話題(2007年当時)として，水処理の生物学的な硝化プロセスなどで硝化をする細菌に古細菌が多い，というのが話題なんだそうです。硝化は，普通に考えれば，Eubacteria(真正細菌)ドメインの硝化菌(Nitrosomonas など)がやっていると思っていたのだが，海洋研究などで古細菌が硝化をになっているというのが，NatureやScienceに発表されて，微生物生態の研究者では，この硝化古細菌研究がブームだという。確かに，古細菌が意外に普通の環境にいるというのが，1990年代からいろいろいわれてはいるようである。生物学の世界はすぐに昔の常識が覆されているので，常に知識を更新しておく必要があります。